Появление первых евреев в среднеазиатском регионе относится к периоду Персидской державы Ахеменидов. Держава существовала с 550 по 330 год до н. э. и охватывала значительную часть Ближнего Востока, включая современные территории Ирана, Ирака, Египта, Сирии, Турции и других регионов.
Это были древние арамео- и древнеивритоязычные иудеяне. Так называли тех, кто вел своё происхождение от еврейского населения Иудеи, пленённого царём Навуходоносором II и выведенного в Вавилонию в 600 годы до новой эры. Сами себя евреи называли йеhудым.
В 539 году до новой эры персидский царь Кир II завоевал Нововавилонское царство, издал декрет об освобождении пленённых народов и дал им разрешение вернуться на родину. Первая группа иудеян отправилась в Иудею через год после освобождения. Вторая часть осталась на чужбине из-за неимения дома собственной земли. Они вербовались в персидскую армию, чтобы получить земельные наделы за воинскую службу.
Первые археологические свидетельства проживания евреев на территории Средней Азии датируются 2 веком до н. э. — 1 веком н. э. Они были обнаружены советскими исследователями в Туркменистане. Остатки древней синагоги, а также черепки с еврейскими надписями и именами относятся ко времени основания великого шелкового пути, по которому, как предполагается, иудеяне распространились вглубь Средней Азии и далее в Китай. Ездили по региону с торговыми караванами, а потом находили для себя занятия и оставались.
Многочисленность еврейского населения региона, включающего Среднюю Азию, в 10 веке упоминалась арабскими географами. Данные начала 11 века говорят о многих иудеях в Бухаре, Мерве, Термезе, Балхе, Герате, Нишапуре и Ургенче. Великий еврейский путешественник 12 века Бенджамин из Туделы писал, что в Самарканде проживает не менее 30 тысяч евреев (по другим источникам - 50 000). В ранний исламский период именно Самарканд был крупнейшим центром еврейской жизни в Средней Азии. В 13 веке впервые упоминается еврейская община в Бухаре, которая в 16 веке становится основным центром сосредоточения еврейского населения в Средней Азии. Ее «расцвет» при этом был связан с монгольским завоеванием Средней Азии, в ходе которого были уничтожены многие древние еврейские общины. В сохранившуюся общину Бухары стекались уцелевшие евреи. Большая синагога Бухары действовала в городе с 1300-х годов по 1900-е годы. Именно с Тамерланом и связывают происхождение термина «бухарские евреи», которым со временем стали называть всех евреев Центральной Азии. Сами бухарские евреи называют себя исроил или яхуди.
До начала 16 века евреи Ирана, Средней Азии и Афганистана фактически были объединены в одну общину. «Распадение этой большой общины в начале 16 в. на общины иранских евреев и евреев Афганистана и Средней Азии, а затем и распадение последней на две отдельные общины во второй половине 18 в. связано с рядом событий политической истории, резко ослабившими контакты между евреями, проживавшими в соответствующих регионах».
В середине 1700-х годов происходит первое принудительное массовое обращение евреев в ислам и возникает прослойка «чала» - «ни то, ни сё» - евреев, продолжающих тайно исповедовать иудаизм. Чтобы исповедовать иудаизм открыто, нужно было заплатить высокий налог. Из трех категорий евреев: зажиточных – коэнов, средних – леви и бедняков – исроэль, в чала попадали в подавляющем большинстве представители исроэля. Несмотря на переход в ислам, мусульмане чала не принимали. Иудеи, соответственно, от них отворачивались. Чала приходилось жить отдельными общинами, в специально отведенных кварталах, расположенных вокруг еврейских махаллей.
«Вам, Ваше превосходительство, может быть, незнакомы роковые для бухарских евреев слова «Слава Богу, я мусульманин». Этих слов страшится в Бухаре каждый еврей, в чем-то провинившийся, если присутствующие мусульмане усмотрят в его проступке малейшее, по их мнению, оскорбление их религии. Тогда один исход - или … он, по засвидетельствованию трёх присутствующих мусульман, подлежит немедленному повешению, или собравшаяся толпа предлагает произнести в её присутствии «слава Богу, я мусульманин» и тем самым искупить свою вину. По принятии таким порядком мусульманства вся семья объявляется также мусульманской и передается мулле для наставления в вере и обрядах. Почти все «чала» только по внешним проявлениям мусульмане, а в душе евреи. «Чала» ходят в мечеть, будто молятся, и вообще проделывают всё, что полагается мусульманам, ибо за ними следят соседи. Взаперти же у себя дома они в строжайшей тайне чтут субботу, молятся под покровом ночи по еврейскому обряду Единому Богу и вымаливают себе у него прощение в невольном прегрешении. Беда, если кто-либо узнает и выдаст: вероотступников немедленно казнят через повешение, а раньше свергали с высокой башни на съедение собакам. Такая жизнь естественным образом привела к тому, что «чала» селятся отдельно, в особых кварталах, и сочетаются браком только между собою: ни истый мусульманин, ни тем паче еврей не отдадут им своих дочерей. Первые потому, что основательно не верят в религиозное чувство «чала», а вторые понятно почему».
Остатки общины чала существуют в Средней Азии, в основном в Бухаре, до настоящего времени. Большинство членов ее по паспорту являются узбеками.
Для остальных евреев в Бухаре возникает еврейская слобода, вне пределов которой им запрещается селиться. Бухарские евреи платили налог за право исповедовать свою религию и сохранение жизни. При уплате налога еврею отвешивались две пощечины. Евреи не могли ездить по городу на лошадях. При встрече с мусульманином еврею приходилось спешиваться с осла и кланяться, иначе он мог быть избитым за неуважение. Еврею нельзя было появляться на улице без верхнего халата. Халаты они должны были подвязывать только веревкой, а не платком, как местные жители, и уж совсем ни в коем случае не шелковым платком. Чалму надевать тоже запрещалось. Зато еврейскую меховую шапку мусульмане видели издалека и не стесняли себя в поведении. Иудеи были ограничены в праве постройки новых домов, не имели права покупать мусульманский дом даже в своем квартале. Еврейский дом должен был быть ниже мусульманского, и на нем вывешивали тряпку, как знак отличия. После заката им был запрещен вход в город. Евреи занимали определенные экономические ниши. В Бухаре типичным еврейским занятием была покраска ткани в цвет индиго .
Во время завоевания Средней Азии Россией местности, населенные бухарскими евреями, вошли в состав Туркестанского генерал-губернаторства, включенного в состав Российской империи. Русская администрация в целом не трогала еврейскую систему самоуправления. «Рассматривая бухарских евреев как единственно лояльную часть туземного населения Средней Азии, русская администрация первоначально приняла ряд мер, направленных на привлечение и упрочение их симпатий. В мирный договор между Россией и Бухарой были включены специальные параграфы (8,9,12), оговаривавшие право бухарских евреев на свободное пребывание в пределах России, свободную торговлю в ней и право приобретения недвижимого имущества на территории России. В 1872 г. были подтверждены права евреев, проживающих на территориях, остававшихся в пределах Бухарского, Хивинского и Кокандского ханств, принимать русское подданство при условии зачисления в купеческие гильдии». Бухарским евреям разрешалось селиться на территории империи и даже торговать на ярмарках в Оренбурге, Троицке и Нижнем Новгороде, чего не могли делать российские евреи.
Число евреев Средней Азии к концу 19 века оценивали в шестнадцать тысяч, а к концу 20 века в среднеазиатских республиках СССР их проживало около 80 тысяч. Язык бухарских евреев часто называли «еврейско-таджикским», а сами бухарские евреи иногда называют его «бухори». Он не очень сильно отличался от таджикского, но в 1920-1930-е годы были предприняты усилия считать его отдельным языком со своей грамматикой. Тогда на этом языке издавали учебники для школ, некоторые книги, были газеты. Была придумана «местно-еврейская» письменность сначала на основе латиницы, а затем ее перевели на кириллицу. К концу 30-х годов национальная политика партии изменилась, выделять отдельный бухарско-еврейский язык стало считаться политической ошибкой, и официальное издание книг и газет на нем в СССР прекратилось.
Только в ходе первой большой волны эмиграции, пришедшейся на конец 20 века, более 17 тысяч бухарских евреев покинуло Советский Союз. В настоящее время большинство из них проживают в Израиле, США, Канаде, Германии, Австрии. В Средней Азии осталось менее 5% былого бухарско-еврейского населения. В России указали себя бухарскими евреями 18 человек.